সাঘাটা উপজেলার উল্লেখযোগ্য যমুনা ও বাঙ্গালী নদী। উপজেলার পূর্ব পাশ দিয়ে ভরতখালী, সাঘাটা ও হলদিয়া ইউনিয়ন ঘেসে যমুনা প্রবাহিত হয়েছে। যমুনা, বাঙ্গালী ও কালাপানি নদী এবং তেলিয়ান বিল ও বাদিয়া খালী নদী উপজেলায় উল্লেখযোগ্য।
পরিকল্পনা ও বাস্তবায়নে: মন্ত্রিপরিষদ বিভাগ, এটুআই, বিসিসি, ডিওআইসিটি ও বেসিস